Na Assembléia de 03 de julho de 2008 foram eleitos os seguintes da Diretoria-Executiva da Proembrapa, para o biênio 2008 a 2010:

Diretoria-Executiva
Diretor-Presidente - Julio Maria Porcaro Puga
Diretor Financeiro - Saulo Nery Pertence
Diretor Administrativo - Gabriel Ferreira Bartholo
Diretor Técnico-Científico - Sotto Pacheco Costa
Diretor de Valorização Profissional - Luiz Jésus d'Ávila Magalhães

Em 18 de agosto de 2009 foram eleitos os membros do Conselho Deliberativo e do Conselho Fiscal, para o biênio 2009 a 2011:

Conselho Deliberativo
Airdem Gonçalves de Assis
Aliomar Gabriel da Silva
Antonio Jorge de Oliveira
Claudio Bellaver
Plínio Itamar de Mello de Souza

Conselho Fiscal
Antônio Carlos Motta
Euzébio Medrado da Silva
Ronir Carneiro

Representantes Locais
O Estatuto prevê instâncias organizacionais e deliberativas celulares da Associação, para congregar os aposentados das diversas Unidades Descentralizadas da Embrapa, com regimento próprio e Representante Local escolhido pela maioria dos associados locais.

Além disso, o Estatuto contempla a possibilidade de criar outros órgãos ou divisões temporárias dentro da sua estrutura, que poderão ser ocupados por associado ou contratados.